Ces deux conditions respectées, la création de petites entreprises innovantes et le renforcement du potentiel d’innovation des grandes firmes sont au centre des politiques industrielles et de l’aménagement du territoire. Si les grandes entreprises, regroupant diverses activités de production, de finance et de commercialisation, tentent d’organiser les marchés et l’évolution des technologies, par voie d’alliances, de fusions, de pactes et d’intrusion politique et si l’espoir du renouveau économique se concentre dans la petite entreprise issue de l’activité scientifique, l’attention des spécialistes est particulièrement portée sur les systèmes d’innovation.

Un système d’innovation décrit les relations entre institutions (scientifiques, technologiques, industrielles, commerciales, financières, politiques), privées et publiques (entreprises, laboratoires de recherche et d’ingénierie, administrations…). Ces relations sont constituées le plus souvent des flux financiers et informationnels et des mouvements de personnes. Le but d’un tel système est de produire des innovations (nouvelles organisations, nouvelles marchandises et processus, nouvelles ressources : nouvelles combinaisons de ressources productives). Les systèmes sont nationaux (ou locaux) ; l’accent étant mis dans ce cas sur les dispositifs publics légaux de régulation. Ils peuvent être aussi « privés » ; l’analyse privilégiant le « réseau » qui peut être défini comme un ensemble d’entreprises liées juridiquement et/ou financièrement à une ou plusieurs grandes entreprises (pivots) qui, constituant un système, a pour but de réaliser une (ou plusieurs) production(s) intégrée(s) dans une même chaîne de valeur et sous le commandement des entreprises pivots.

Pour comprendre et pour étudier le système d’innovation, l’économiste pose son regard sur l’organisation interne des entités de production et sur leur environnement (marché, concurrence, administrations,…). Sa vision systémique le conduit à considérer l’entreprise comme une entité vivante dont la naissance, la croissance, la survie ou la mort sont conditionnées par un ensemble de rapports contradictoires entre l’entité et son environnement et entre les organes internes de l’entité. La réalité de l’entreprise est ainsi complexe : c’est un centre de décision juridiquement autonome qui met en œuvre une stratégie, se fixe des objectifs et se donne les moyens pour y parvenir. Elle est aussi un « micro-système » social qui associe des personnes avec des compétences différentes liées par des rapports hiérarchiques de pouvoir et de responsabilité. Dans les deux cas, son pouvoir intégrateur de ressources et de fonctions économiques mesure sa compétitivité et sa longévité. L’entreprise est ainsi façonnée par l’organisation générale de la production, elle-même fondée sur la déconcentration spatiale de la réalisation de cette production et sur la centralisation décisionnelle, financière et informationnelle d’investissement et de commercialisation. Les rapports entre le système social et le système « privé » d’innovation relèvent de la mise en réseaux de la science conjointement par les entreprises et les institutions publiques, sous l’action délibérée des gouvernements, dans un but clairement technologique.

L’innovation d’aujourd’hui est intimement liée à la marchéisation (profitabilité) du travail scientifique et à l’appropriation de ses résultats par les entreprises innovantes. Les paramètres « temps » (de transfert) et « coût » (social) d’appropriation de la connaissance marchéisée nécessitent la mise en place d’un cadre légal d’accumulation nouveau qui doit assurer la cohérence entre la logique du chercheur et celle de l’entrepreneur. Ce cadre, créé pour maintenir ouvert, au bénéfice des entreprises, le couvercle de la marmite dans laquelle bouillonne la recherche publique, est souvent qualifié d’inopérant à long terme, parce qu’il sacrifie la « science autonome » au profit de la recherche orientée et appliquée. Ce qui est vrai, sauf si, comme l’histoire nous l’enseigne, nous considérons que l’aspect social, et à plus long terme économique, du progrès technique est intimement lié à la production d’armements, à la préparation à la guerre et aux opérations militaires…