Membres l’un et l’autre depuis 1953 du comité de rédaction de Filosofický casopis qui, dans le premier numéro de cette nouvelle et à l’époque unique revue philosophique tchèque, proclamait son adhésion sans réserves au « marxisme et léninisme » et la nécessité consécutive de lutter « contre toutes les formes du libéralisme et de conciliation à l’égard des conceptions philosophiques réactionnaires », ils restèrent plus ou moins fidèles à ce credo jusqu’aux années soixante. Cependant, leur pensée contenait déjà des germes de non-conformisme perceptibles surtout dans le choix des thèmes d’investigation. M. Machovec publie en 1953 un livre sur L’enseignement de Hus et son importance dans la tradition de la nation tchèque. Suivront d’autres travaux concernant l’histoire intellectuelle de son pays, qui lui ont permis d’atteindre, selon ses propres paroles (et malgré le fait qu’il y soutient pleinement la doctrine officielle), « une certaine liberté et véracité » ; K. Kosík, sans s’écarter de l’interprétation marxiste, se penche lui aussi, dans La démocratie radicale tchèque (1958), sur la même question, cette fois-ci située au XIX^e siècle.

Mais son ouvrage le plus important, La dialectique du concret (1963, trad. française : François Maspero, 1970), grâce auquel il devient un des philosophes tchèques contemporains les plus connus à l’étranger, révèle sa préoccupation fondamentale et marque d’une façon quasi définitive la ligne directrice de sa pensée : il y opte pour la dialectique, « méthode révolutionnaire de transformation de la réalité » qui, inhérente à toute la sphère du subjectif, devrait permettre d’aller au-delà de la connaissance et du savoir opératif et, par conséquent, de jouer, en tant que praxis, le rôle onto-créateur, capable d’atteindre et transformer la « chose en soi », c’est.à-dire la réalité humaine supposée elle-même aussi dialectique : « La totalité du monde révélée par l’homme dans l’histoire et l’homme qui existe dans la totalité du monde. »

D’où son rejet permanent et radical du « pseudo-concret », qui mène K. Kosík, même après la chute du régime communiste (qui lui fit payer son rôle phare au cours du « Printemps de Prague » en le persécutant et en le privant de toute possibilité de s’exprimer publiquement) à conserver une position très critique, sinon hostile, vis-à-vis de la nouvelle société capitaliste tchèque ( « l’homme moderne s’est réconcilié avec le mal néantisant comme avec son fidèle et indispensable accompagnateur et agit selon ses ordres » ), position qui, malgré la reconnaissance de la valeur de ses récentes publications, l’avait, d’une certaine façon, marginalisé parmi ses concitoyens.

Si K. Kosík considère comme son « réveil politique » le fait qu’il participa, en compagnie de son père, à une manifestation anti-allemande en 1939, M. Machovec, pour sa part, évoque de « fortes impressions mystiques » éprouvées dans sa jeunesse et explique sa première acceptation non critique du marxisme comme une « vision du “royaume de Dieu” sécularisé ». Il devient peu à peu, à l’époque du relatif dégel vers la fin des années cinquante et jusqu’à 1968, un des principaux promoteurs tchèques du dialogue entre les penseurs marxistes et les théologiens de différentes Églises. Après avoir publiquement protesté contre l’occupation soviétique et avoir refusé de se rétracter, il est obligé de quitter l’Université. Ses livres paraissent alors uniquement à l’étranger, le plus connu étant Jésus pour les athées (1972, trad. française : Desclée, 1978). À partir de 1990, il redevient le – très populaire – professeur à l’Université Charles. Critique de l’état actuel de la civilisation indo-européenne dont les penseurs, prisonniers de leurs spécialités, en démissionnant de leur véritable rôle, se montrent incapables de proposer à la jeune génération le chemin vers « un sens valable de la vie », il préconise un renouveau moral par la voie d’un « dialogue planétaire » sous l’égide du legs spirituel et dans le sillage d’un Gándhí. Honoré par l’Université, M. Machovec fut en 2000 décoré par le président V. Havel de l’ordre de T. G. Masaryk.